Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn là đơn vị sự nghiệp công lập có thu trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, thực hiện chức năng về lĩnh vực cấp nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn. Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn chịu sự chỉ đạo, quản lý toàn diện của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo quy định của pháp luật; đồng thời chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn. Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng, có trụ sở riêng, kinh phí hoạt động do ngân sách nhà nước cấp theo quy định của pháp luật.